巴城镇党委、巴城镇政府设9个职能机构，分别为：综合办公室、党建工作办公室、财政和经济发展办公室、建设管理办公室、农村工作办公室、社会事业办公室（退役军人服务站）、综合行政执法和安全生产监督管理办公室、便民服务中心、社会治理办公室。
